HLA антигены класса I (HLA-A, -B, и -C) обнаруживаются на мембранах практически всех клеток. Названные молекулы состоят из одного высокополиморфного пептида (a-цепь) и мономорфного b2-микроглобулина (b-цепь). Антигены, ассоциированные с молекулами I класса, распознаются CD8+ Τ-клетками.

В отличие от описанного, клеточное распространение антигенов II класса (HLA-DR, -DP, -DQ) в значительной мере ограничено, они в основном экспрессируются АПК, такими как B-клетки, моноциты, макрофаги, дендритные клетки лимфоидных органов, мезангиальные клетки почек, клетки Купфера и альвеолоциты II типа. Молекулы класса II состоят из двух нековалентно связанных полиморфных цепочек (a и b), которые кодируются MHC. Они играют центральную роль в запуске иммунного ответа на трансплантационный антиген. Распознавание чужеродных антигенов II класса активирует CD4+ Τ-клетки и стимулирует синтез цитокинов.